I en djupborrad vattenbrunn utnyttjas berggrunden som vattenmagasin. I de allra flesta fall används sänkhammarutrustning vid borrning, vilket är en metod som drivs av tryckluft. Borrmetoden är en kombination av rotation och slag.

När man anlägger en djupborrad brunn utförs borrningen i två steg:

• Steg 1 innebär borrning genom jordlagren ner till fast berg. Den vanligaste metoden för detta kallas odexmetoden. Vid odexmetoden drivs foderrören ner samtidigt som borrning sker. Foderrören bör drivas ner minst 2 meter i fast berg för att man ska kunna försäkra sig om att de ytligaste sprickorna i berget passeras. Därefter gjuts foderrören fast i berget med hjälp av cement. Gjutningen görs för att täta mellan foderröret och berget, vilket förhindrar att ytligt liggande grundvatten samt jord och bergmaterial tränger in i borrhålet. Vid små jorddjup är det extra viktigt att borra ner foderrören djupt i berg eftersom risken för förorening i allmänhet ökar med minskat jorddjup. Normbrunn -16 föreskriver därför att minsta antal meter foderrör från markytan räknat är 6 meter.
• Steg 2 är borrning genom berggrunden tills erforderlig mängd vatten erhållits. Det är detta borrhål som utgör själva brunnen. Borrhålets diameter kan variera, men de vanligast förekommande dimensionerna är 4,5" (115 mm), 5,5" (140 mm) och 6,5" (165 mm).

Djupborrad vattenbrunn är den vanligaste brunnstypen idag. I urberg brukar denna brunnstyp normalt ge 100–1000 l/h. Om större sprickzoner påträffas kan dock vattentillgången öka betydligt. För normala hushåll räcker dock i de flesta fall 100 l/h. Om vattenmängden inte skulle vara tillräcklig kan man öka vattentillgången genom att öppna sprickorna genom högtrycksspolning med vatten eller sprängning med dynamit.

En djupborrad brunn har i allmänhet ett bättre skydd mot föroreningar än en brunn i jordlagren. En annan fördel med bergborrade brunnar är att de sällan sinar under torrperioder eftersom grundvattnet är djupt liggande.